Fakturyon je dostupný i jako mobilní aplikace. Rozhraní je responzivní a přizpůsobuje se velikosti obrazovky.
Na mobilních zařízeních fungují všechny funkce včetně:
- Vystavování dokladů
- Odesílání e-mailem
- Stahování PDF
- Zaznamenávání plateb
- Push notifikace (upozornění na platby, upomínky, nové doklady)