Nejlepší fakturační program neexistuje v jednotném čísle — existuje jen ten, který sedí vašemu způsobu podnikání. Někdo vystaví tři faktury měsíčně a nechce za to platit nic. Někdo fakturuje paušální služby padesáti klientům a potřebuje, aby se faktury vystavovaly samy. A někdo vede sklad a potřebuje účetní program, ne fakturační. Srovnali jsme proto sedm nástrojů, které se v Česku reálně používají, podle ceny přepočtené na stejný základ a podle toho, komu který vyhovuje.
Jak jsme srovnání počítali
Bez metodiky jsou ceny fakturačních programů nesrovnatelné, protože každý dodavatel je uvádí jinak. Držíme se proto tří pravidel a přiznáváme je dopředu:
- Všechny ceny jsou přepočtené na měsíční platbu včetně DPH. Fakturoid uvádí ceny s DPH, iDoklad, Vyfakturuj, SuperFaktura i mPOHODA bez DPH — u nich je připočteno 21 %.
- Počítáme s měsíční platbou, ne se zvýhodněnou roční. Při roční platbě jsou ceny u většiny nástrojů nižší, ale poměr mezi nimi zůstává podobný. Míchat obojí v jedné tabulce je přesně ten druh chyby, kvůli které srovnání vypadá účelově.
- Srovnáváme tarif, ve kterém je párování plateb, automatické upomínky a pravidelné faktury zároveň. To je trojice funkcí, kvůli které si fakturační program většina lidí pořizuje — a zároveň ta, kterou dodavatelé nejčastěji rozdělují mezi vyšší tarify.
Ceny jsme ověřili přímo v cenících 20. září 2026. Ceníky se mění, takže než se rozhodnete, zkontrolujte si aktuální čísla u zdroje — odkazy najdete u každého nástroje.
Souhrnná tabulka: kolik měsíčně zaplatíte
| Nástroj | Tarif zdarma | Nejlevnější placený | Párování + upomínky + pravidelné faktury |
|---|---|---|---|
| Fakturoid | ano (5 odběratelů) | 199 Kč | 519 Kč |
| iDoklad | ano (5 kontaktů) | 290 Kč | 520 Kč |
| Vyfakturuj | ano (5 kontaktů) | 212 Kč | 362 Kč |
| SuperFaktura | ano (5 kontaktů) | 156 Kč | 338 Kč |
| mPOHODA | ano (100 faktur) | 201 Kč | 361 Kč |
| Money S3 | 3 měsíce | 3 618 Kč jednorázově | jiný model, viz níže |
| Fakturyon | ne | 70 Kč | 70 Kč |
Sedm nástrojů, které v Česku stojí za zvážení
Fakturoid
Nejznámější česká fakturační služba a pro spoustu lidí synonymum online fakturace. Má vyladěné prostředí, dobrou mobilní aplikaci a API dostupné i v bezplatném tarifu. Tarify jsou ale poskládané po vrstvách: neomezení odběratelé jsou od tarifu Na lehko (199 Kč), párování s bankou a upomínky od tarifu Na každý den (279 Kč) a pravidelné faktury, cenové nabídky i odesílání e-mailů z vlastní domény až v tarifu Na maximum (519 Kč). Další uživatel nebo účetní se platí zvlášť, podle tarifu 50 až 120 Kč měsíčně.
Pro koho: pro toho, kdo chce zavedenou službu s bohatým ekosystémem a nevadí mu za kompletní sadu funkcí zaplatit. Ceník najdete na fakturoid.cz.
iDoklad
Nástroj ze stáje Solitea, tedy ze stejného domu jako Money. Jako jediný z online nástrojů v tomhle přehledu umí výkazy DPH a kontrolní hlášení už v bezplatném tarifu — pro plátce DPH je to podstatný argument. Má taky sklad, který ostatní fakturační služby nenabízejí. Zaplatíte za to nejvyšší vstupní cenou: nejlevnější placený tarif stojí 290 Kč a párování plateb, upomínky i opakované faktury jsou až v tarifu Oblíbený za 520 Kč. Počet uživatelů je omezený tarifem, API je dostupné až od tarifu Oblíbený.
Pro koho: pro plátce DPH, kteří chtějí mít výkazy pod jednou střechou s fakturací, a pro ty, kdo potřebují jednoduchý sklad. Ceník na idoklad.cz.
Vyfakturuj
Z velké trojice cenově nejpřístupnější. Párování s bankou a automatické upomínky jsou hned v tarifu Mini za 212 Kč, což je nejnižší cena, za kterou se tyhle dvě funkce dají v přehledu pořídit. Pravidelné faktury, cenové nabídky a API přijdou s tarifem Ideal za 362 Kč. Zajímavost, kterou ostatní nemají: tarif Profi (750 Kč) umí tři firmy v jednom účtu — pokud fakturujete za víc subjektů, přepočítejte si srovnání na počet firem, protože většina konkurence účtuje každou firmu zvlášť.
Pro koho: pro toho, kdo chce párování a upomínky co nejlevněji, a pro majitele víc firem. Ceník na vyfakturuj.cz.
SuperFaktura
Původem slovenský nástroj, v Česku zavedený. Umí faktury ve čtrnácti jazycích, knihu jízd a odesílání dokumentů poštou, což jinde nenajdete. Párování plateb je od Základního balíku (156 Kč), upomínky včetně SMS, cenové nabídky a automatické odesílání opakovaných faktur od Standardního (338 Kč). Vyšší tarif přidává víc uživatelů, tagování a API.
Pro koho: pro fakturaci do zahraničí ve víc jazycích a pro toho, kdo ocení knihu jízd. Ceník na superfaktura.cz.
mPOHODA
Online nástroj od Stormware, tedy přístavba k účetnímu systému POHODA. Jeho hlavní smysl je právě tenhle: když vaše účetní vede agendu v POHODĚ, mPOHODA data předává bez přepisování. Párování bankovních plateb má i bezplatný tarif Start, ten je ale omezený počtem faktur, kontaktů i položek. Neomezená evidence a upomínky přicházejí s tarifem Basic (201 Kč), opakované faktury až s tarifem Pro (361 Kč). Další uživatelé a firmy se připlácejí.
Pro koho: pro podnikatele, jejichž účetní pracuje v POHODĚ. Mimo tenhle případ není důvod ho upřednostnit. Ceník na mpohoda.cz.
Money S3
Tady je potřeba říct rovnou: Money S3 není fakturační program, ale plnohodnotný účetní systém instalovaný na počítači. Prodává se jako jednorázová licence — komplet Basic vychází na 3 618 Kč včetně DPH, vyšší komplety na několikanásobek, aktualizace na první rok je v ceně. Online přístup z víc míst je placená měsíční služba navíc. Bezplatná verze Start funguje tři měsíce a je omezená počtem záznamů.
Pro koho: pro firmu, která si vede účetnictví sama a potřebuje mzdy, sklad a majetek. Na vystavování faktur je to jako jet na nákup autobusem. Ceník na money.cz.
Fakturyon
Náš vlastní nástroj patří do tohohle přehledu jako sedmý ze sedmi, ne jako automatický vítěz. Staví na jiném principu než konkurence: má jediný tarif za 70 Kč měsíčně (60 Kč při roční platbě) a v něm neomezený počet faktur i odběratelů, párování plateb z banky, automatické upomínky, pravidelné faktury, cenové nabídky, QR platby, přílohu ISDOC, cizí měny, mobilní aplikaci i API. Nic z toho není příplatek — právě proto vychází sloupec se srovnatelným tarifem tak, jak vychází.
Stejně tak férově patří na stůl, co Fakturyon nemá. Neumí evidenci přijatých dokladů, takže náklady si musíte vést jinde. Nemá výkazy DPH ani kontrolní hlášení — iDoklad je má i v bezplatném tarifu. Nemá sklad ani vytěžování údajů z přijatých PDF. A nemá bezplatný tarif, takže pokud vystavíte dvě faktury ročně, jste levnější u konkurence. Každou firmu navíc účtujeme zvlášť.
Pro koho: pro OSVČ a malé firmy, které fakturují pravidelně, chtějí automatizaci a nechtějí ji platit po vrstvách. Pro plátce DPH, kteří potřebují výkazy v jednom nástroji, se hodí líp iDoklad.
Nejlepší fakturační program podle typu podnikání
- Začínáte a fakturujete pár dokladů měsíčně. Vystačíte si s bezplatným tarifem — Fakturoid, iDoklad, Vyfakturuj i SuperFaktura ho mají. Limit pěti odběratelů je ale nízký a narazíte na něj dřív, než čekáte.
- Fakturujete paušální služby stejným klientům. Rozhodují pravidelné faktury. U Fakturoidu jsou v nejdražším tarifu, u iDokladu a Vyfakturuj ve středním, u mPOHODY v nejvyšším. Jak funguje automatizace v praxi, rozebíráme v článku o opakovaných fakturách.
- Jste plátce DPH a vedete si přiznání sami. Potřebujete nástroj s výkazy DPH a kontrolním hlášením — nejlevněji iDoklad, z krabicových řešení Money S3. Co všechno se do obratu počítá, najdete v přehledu obratu pro DPH. Aktuální formuláře a termíny podání si vždy ověřte u Finanční správy.
- Fakturujete do zahraničí. Hlídejte si cizí měny a jazykové verze dokladu. SuperFaktura má nejvíc jazyků, ostatní nástroje obvykle češtinu a angličtinu. Návod na samotné doklady máme v článku fakturace do zahraničí.
- Máte klienty, kteří platí pozdě. Rozhoduje párování plateb z banky a automatické upomínky. Nejlevněji je má Vyfakturuj a SuperFaktura, u Fakturoidu a iDokladu jsou až ve vyšších tarifech. Co dělat, když ani upomínky nezaberou, popisujeme v návodu co dělat, když klient nezaplatí.
- Vedete sklad nebo mzdy. Fakturační služba vám nestačí, potřebujete účetní systém — Money S3, POHODU nebo jim podobný. Fakturační nástroje sklad buď nemají vůbec, nebo v zjednodušené podobě (iDoklad).
- Vaše účetní pracuje v konkrétním programu. Zeptejte se jí dřív, než si něco pořídíte. Když účtuje v POHODĚ, ušetří vám mPOHODA hodiny přepisování. Jinak si vystačíte s exportem — formát ISDOC zvládnou načíst prakticky všechny české účetní programy.
Za co se u fakturačních programů připlácí
Cena z ceníku je jen výchozí bod. Než se rozhodnete, projděte si čtyři položky, kvůli kterým se měsíční částka často vyšplhá výš, než jste počítali:
- Další uživatel nebo přístup pro účetní. Většina nástrojů ho účtuje zvlášť, nebo ho omezuje tarifem. U Fakturoidu jde o 50 až 120 Kč měsíčně, iDoklad a mPOHODA řeší počet uživatelů tarifem.
- Druhá firma v jednom účtu. Typicky se platí jako druhé předplatné. Výjimkou je tarif Profi u Vyfakturuj, kde jsou tři firmy v ceně.
- Odesílání e-mailů z vlastní domény. Drobnost, která rozhoduje o tom, jestli faktura přijde od vás, nebo od cizí služby. U Fakturoidu je až v nejdražším tarifu.
- Limity API. Pokud plánujete napojení na e-shop nebo vlastní systém, zkontrolujte měsíční limit požadavků. Liší se řádově — od 1 500 u bezplatného Fakturoidu po 20 000 v jeho nejvyšším tarifu.
Poslední věc, na kterou se zapomíná: export vlastních dat. Dřív nebo později budete chtít doklady dostat ven — pro účetní, pro daňové přiznání, nebo při přechodu jinam. Ověřte si, že nástroj umí export do ISDOC nebo aspoň CSV, a to nejlépe ještě předtím, než do něj nahrajete rok práce. Podrobná kritéria výběru najdete v článku jak vybrat fakturační aplikaci, samotnou mechaniku automatizace pak v textu o automatizaci fakturace.
💡 Jak na to ve Fakturyonu: Fakturyon má jediný tarif — párování plateb, upomínky, pravidelné faktury, QR platby, cizí měny i API jsou v něm od začátku, ne jako příplatek za vyšší úroveň. Doklady kdykoli vyexportujete v ISDOC nebo CSV a vezmete si je s sebou.
Shrnutí
Sedm nástrojů, sedm různých odpovědí. Pokud fakturujete pár dokladů ročně, nepotřebujete platit nic — bezplatné tarify Fakturoidu, iDokladu, Vyfakturuj i SuperFaktury to zvládnou. Pokud jste plátce DPH a chcete výkazy v jednom nástroji, je nejrozumnější volbou iDoklad. Pokud vedete sklad nebo mzdy, hledejte účetní systém, ne fakturační službu. A pokud fakturujete pravidelně, chcete párování plateb, upomínky i opakované faktury a nechcete za každou z nich platit zvlášť, vyjde vám srovnání ve prospěch nástroje s jedním tarifem.
Ať zvolíte cokoli, projděte si před rozhodnutím dvě věci: kolik reálně zaplatíte za tarif, ve kterém máte všechny funkce, které skutečně používáte — a jak se z toho nástroje dostanou vaše data ven. Zbytek se dá změnit, tyhle dvě položky bolí nejvíc.
